Federalno tužilaštvo FBiH je zakonom ovlašteno da može narediti sprovođenje istrage u svim predmetima iz nadležnosti kantonalnih tužilaštava. Sadašnja kadrovska i materijalna osposobljenost Federalnog tužilaštva FBiH, kao i obaveze pred Vrhovnim sudom FBiH, ne omogućava angažovanje federalnih tužilaca u prvostepenom krivičnom postupku.